Dalam rangka meningkatkan kinerja serta pelayanan Kantor Kesehatan Pelabuhan Yogyakarta pada tanggal 28 November 2016 Sampai dengan 30 November 2016 bertempat di Syariah Hotel Surakarta, Kantor Kesehatan Pelabuhan Yogyakarta  melaksanakan kegiatan Evaluasi Program Kegiatan Semester II Tahun Anggaran 2016. Kegiatan ini mempunyai tujuan utama adalah sebagai bagian Evaluasi akhir tahun anggaran 2016 untuk seluruh kegiatan program kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan Yogyakarta agar pada tahun anggaran berikutnya dapat berjalanan lebih baik, demikian disampaikan Kepala Kantor Kesehatan Pelabuhan Yogyakarta, dr. Hj. Chamidah.

Pada kegiatan Evaluasi Program Kegiatan Semester II Tahun Anggaran 2016 Kantor Kesehatan Pelabuhan Yogyakarta ini dibahas secara menyuluruh capaian kinerja program kerja TUPOKSI KKP dari Wilayah Kerja Pelabuhan Laut Kulon Progo, Wilayah Kerja Pelabuhan Baron dan Bandara Adisutjipto Yogyakarta oleh masing-masing koordinator wilayah kinerja. Selain itu juga dipaparkan kegiatan masing-masing seksi antara lain Pengendalian Risiko Lingkungan (PRL) , Upaya Kesehatan dan Lintas Wilayah (UKLW) dan Seksi Pengendalian Karantina dan Surveilans Epidemiologi (PKSE). Pada pembahasan ini difokuskan kepada upaya penanggulangan Virus Zika. 

Hal terpenting yang ikut dibahas adalah perubahan struktur organisasi tahun 2017 dikarenakan kebutuhan organisasi selain tidak terlepas dari upaya peningkatan Sumber Daya Manusia (SDM) yang dimiliki oleh Kantor Kesehatan Pelabuhan Yogyakarta.