Seksi Pengendalian Karantina dan Surveilans Epiderniologi mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perencanaan, pemantauan, evaluasi, penyusunan laporan, dan koordinasi pelaksanaan kekarantinaan dan surveilans epidemiologi penyakit, penyakit potensial wabah, penyakit baru, dan penyakit yang muncul kembali, pengawasan alat angkut dan muatannya, lalu lintas OMKABA, jejaring kerja, kemitraan, kajian, serta pengembangan teknologi, dan pelatihan teknis bidang kekarantinaan dan surveilans epidemiologi di wilayah kerja bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara.