Kantor Kesehatan Pelabuhan (KKP) Kelas IV Yogyakarta merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Kementerian Kesehatan RI yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Direktorat Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit. KKP kelas IV Yogyakarta berawal dari pemekaran KKP Kelas II Semarang. Pada tanggal 7 Mei 2012 Direktur Jenderal Pengendalian Penyakit dan Penyehatan Lingkungan (PP dan PL), Kemenkes, Prof dr Tjandra Yoga Aditama SpP(K), MARS, DTM&H, DTCE meresmikan KKP Kelas IV Yogyakarta sebagai KKP ke 49 di Indonesia. Terbentuknya KKP Kelas IV Yogyakarta berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor 2348/Menkes/Per/IX/2011 tentang Perubahan atas Permenkes Nomor 356/Menkes/Per/IV/2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan.

KKP Kelas IV Yogyakarta berlokasi di Jalan Ringroad Utara No. 8 Nanggulan Maguwoharjo, Depok, Sleman DIY didirikan pada tanah milik negara dengan luas 492 m² dan luas bangunan awal 100 m². Saat ini KKP Yogyakarta telah selesai melakukan rehab total dengan luas bangunan menjadi 912 m² dengan kondisi awal bahwa semua kegiatan baik pelayanan maupun operasional kantor ditampung dengan bangunan satu lantai saja saat ini telah menjadi bangunan empat lantai. Hal ini bertujuan untuk meningkatkan kenyamanan dalam pelayanan vaksinasi pada masyarakat pengguna serta kelancaran kegiatan operasional kantor. Dan gedung baru KKP Yogyakarta telah diresmikan pada tanggal 2 Mei 2017 oleh Direktur Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Kemenkes RI, dr.H.Mohamad Subuh, MPPM.

Saat ini pelayanan vaksinasi meningitis menjadi penyumbang sumber Pendapatan Negara Bukan Pajak (PNBP) terbesar dari seluruh jenis PNBP yang ada di KKP Yogyakarta. KKP Yogyakarta menerbitkan Sertifikat Vaksinasi Internasional setiap pemberian vaksin atau yang lebih dikenal dengan buku ICV (International Certificate Of Vaccination). Pada Pasal 2 (1) Permenkes No 23 Tahun 2018 bahwa vaksinasi dilakukan setiap orang yang melakukan perjalanan internasional dari dan ke negara terjangkit dan/atau endemis penyakit menular tertentu dan/atau atas permintaan negara tujuan wajib diberikan vaksinasi tertentu sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. Dan sesuai peraturan tersebut untuk kebutuhan pelayanan dan penerbitan sertifikat vaksinasi internasional hanya dapat dilakukan di KKP yang telah berdiri di seluruh Indonesia, serta Klinik dan RS yang telah memenuhi persyaratan yaitu sesuai Peraturan Direktur Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit No : SR.03.04/II/2745/2018 tentang tata cara penerbitan sertifikat vaksinasi internasional oleh kantor kesehatan pelabuhan kepada klinik dan di RS pelaksana pelayanan vaksinasi internasional. 

Pelayanan vaksinasi internasional yaitu meningitis dan yellow fever sebagai penyumbang PNBP, juga terdapat pelayanan penerbitan dokumen karantina kesehatan di Bandara Internasional Adisutjipto Yogyakarta seperti izin angkut jenazah, izin angkut orang sakit dan bayi, surat keterangan laik terbang ibu hamil, surat keterangan sehat, izin angkut obat, makanan, kosmetika, alat kesehatan serta bahan adiktif (OMKABA). KKP Kelas IV Yogyakarta memiliki dua tempat wilayah kerja yaitu Pelabuhan Laut Baron dan Pelabuhan Laut Kulon Progo. Untuk kegiatan pelayanan vaksinasi di wilayah kerja juga didukung oleh SDM dokter dan perawat, hal ini bertujuan untuk menjangkau pelayanan vaksinasi meningitis di wilayah tersebut.