Seksi Pengendalian Risiko Lingkungan dan Kesehatan Lintas Wilayah mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perencanaan, pemantauan, evaluasi, penyusunan laporan, dan koordinasi pengendalian vektor dan binatang penular penyakit, pembinaan sanitasi lingkungan, kesehatan terbatas, kesehatan kerja, kesehatan matra, kesehatan haji, perpindahan penduduk, penanggulangan bencana, vaksinasi internasional, jejaring kerja, kemitraan, kajian dan pengembangan teknologi serta pelatihan teknis bidang pengendalian risiko lingkungan dan upaya kesehatan di wilayah kerja bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara.